Lasy położone na terenach obecnego Nadleśnictwa Dobrzejewice od zarania państwa stanowiły własność Korony Polskiej. W okresie funkcjonowania Zakonu Krzyżackiego ziemie te były przedmiotem sporów i często przechodziły z rąk do rąk w wyniku wojen czy też zawieranych porozumień. Pozostałościami po tych wydarzeniach są ruiny zamków w Złotorii i Bobrownikach.

Po II-gim rozbiorze Polski (1793 r.) przeszły pod administrację pruską, a w latach 1807-1815 znalazły się na terenie Księstwa Warszawskiego. Po Kongresie Wiedeńskim (1815) zdecydowana większość omawianego obszaru została włączona do Królestwa Polskiego (Kongresówka). Z tego okresu pochodzą kopce graniczne i rów graniczny oraz drzewostany układające się w pas o innym wieku (dawniejsze wycięte linie), co można znaleźć obecnie na terenie obrębu Dobrzejewice.

Gospodarka leśna w Królestwie Polskim została oparta o szereg aktów prawnych, z których zdecydowana większość miała jednak tylko charakter deklaratywny. Systematycznie dokonywano wylesień– początkowo gubernia płocka, do której należała część ziemi dobrzyńskiej, charakteryzowała się lesistością na poziomie 21%, zaś w 1909 roku lesistość powiatów Rypin, Lipno i Włocławek wynosiła zaledwie około 13,5%. Generalnie największych wylesień na omawianym obszarze dokonano w XVIII i XIX wieku poprzez rabunkowe wyręby lub w celu zmiany przeznaczenia gruntu. Na przełomie XIX i XX wieku większość powierzchni wylesionych została ponownie zalesiona.

Po odzyskaniu niepodległości podjęto działania w celu ujednolicenia ustawodawstwa leśnego i organizacji lasów. Po odzyskaniu niepodległości podjęto działania w celu ujednolicenia ustawodawstwa leśnego i organizacji lasów. Na mocy rozporządzenia Rady Ministrów z 23 listopada 1920 roku w przedmiocie organizacji i zakresu działania okręgowych zarządów lasów państwowych lasy lipnowskie (Nadleśnictwo Lipno) zostały podporządkowane Okręgowemu Zarządowi w Warszawie, zaś kolejne reorganizacje nie przyniosły znaczących zmian. W 1938 roku na mocy Rozporządzenia Rady Ministrów zmieniono granice okręgów leśnych, przez co wszystkie lasy państwowe wchodzące aktualnie w skład Nadleśnictwa Dobrzejewice znalazły się w Okręgu Pomorskim z siedzibą Dyrekcji LP w Toruniu.

Po II wojnie światowej, z dniem 01.10.1945 r. na terenie DLP w Toruniu istniało 40 nadleśnictw, wśród których znalazły się Bobrowniki i Dąbrówka. W skład Nadleśnictwa Bobrowniki weszły lasy majątków ziemskich upaństwowione dekretem PKWN o powierzchni 2988 ha (Brzeżno, Chełmica Wielka-Okrągła, Wąkole, Łochocin, Cyprianka, Maliszewo, Wichowo i inne) oraz drobnej własności poniemieckiej – 1862 ha (łącznie 4850 ha wg stanu 01.10.1949 r.). W skład Nadleśnictwa Dąbrówka weszły lasy państwowe przedwojennego Nadleśnictwa Lipno (ok. 2500 ha), lasy pomajątkowe i poniemieckie. Ogólna powierzchnia tego nadleśnictwa wg stanu na 01.10.1949 wynosiła 4732 ha.

Z dniem 01.01.1950 r. z północno zachodniej części lasów Nadleśnictwa Dąbrówka (dawne leśnictwa Silno, Brzozówka, Dobrzejewice) utworzono nowe Nadleśnictwo Dobrzejewice. Z kolei w roku 1952 przeniesiono z Bobrownik do Wąkola siedzibę nadleśnictwa, zmieniając jednocześnie jego nazwę na Wąkole. Wszystkie trzy nadleśnictwa w 1953 r. znalazły się w Rejonie Lasów Państwowych Włocławek Bydgoskiego Okręgu Lasów Państwowych w Toruniu.

W 1960 roku do Nadleśnictwa Dobrzejewice dołączono leśnictwo Bielawy (ok. 333 ha) z Nadleśnictwa Olek. Z dniem 01.10.1961 roku zostało zlikwidowane Nadleśnictwo Dąbrówka, a grunty przez nie zarządzane przejęły Nadleśnictwa Dobrzejewice (ok. 2360 ha) i Wąkole (pozostała część).

W latach 60-tych granica między tymi nadleśnictwami przebiegała prostą linią ostępową przecinającą jezioro Zacisze, zaś łączny zasięg terytorialny był bardzo zbliżony do obecnego. Ponadto powierzchnia ogólna obu nadleśnictw ulegała ciągłemu powiększaniu, głównie przez przejmowanie gruntów z Państwowego Funduszu Ziemi.

Lata 70-te przyniosły kolejne istotne zmiany organizacyjne. Z dniem 01.01.1973 r. połączono szereg nadleśnictw – w tym Nadleśnictwo Dobrzejewice i Wąkole, które utworzyły dwuobrębowe Nadleśnictwo Dobrzejewice. W 1976 roku zlikwidowano Nadleśnictwo Ostromecko, a jeden z obrębów je tworzących – obręb Olek – włączono do Nadleśnictwa Dobrzejewice. Trzyobrębowe Nadleśnictwo Dobrzejewice funkcjonowało do końca 1992 roku, kiedy to obręb Olek został odłączony do nowopowstającego Nadleśnictwa Toruń.