Lesistość na obszarze działania Nadleśnictwa jest dość wysoka i wynosi ponad 39%. W zasięgu terytorialnym dominują lasy państwowe zarządzane przez Nadleśnictwo Dobrzejewice, zaś lasy nie stanowiące własności Skarbu Państwa zajmują około 20 % powierzchni wszystkich lasów.

Według regionalizacji przyrodniczo-leśnej lasy Nadleśnictwa Dobrzejewice leżą w krainie Wielkopolsko-Pomorskiej, w przeważającej części w mezoregionach Kotliny Toruńsko-Płockiej oraz Pojezierza Dobrzyńskiego. Obszar ten jest ubogi w opady. Przeciętny roczny opad atmosferyczny wynosi zaledwie 500 mm. Na terenie Nadleśnictwa jest niewielka ilość rzek i jezior. Z ważniejszych cieków, oprócz rzeki Wisły, wymienić należy Drwęcę oraz Mień, a większymi zbiornikami wodnymi w granicach administracyjnych Nadleśnictwa są jeziora: Ostrowite, Steklin, Mazowsze a na terenach leśnych jeziora: Brzeźno i Zacisze.

Teren Nadleśnictwa zajmują ubogie, piaszczyste siedliska borowe gdzie najlepsze warunki do życia i rozwoju znajduje sosna zwyczajna.

Gleby Nadleśnictwa to w większości gleby rdzawe i bielicowe pochodzące z piaszczystych utworów akumulacji rzecznej, na części których rozwinęły się wydmy. Ostatnią wydmę śródlądową tzw. „czernikowsko-obrowską", umocniono w 1964 na granicy powiatów Lipno – Toruń.
Najszerzej rozpowszechnionymi siedliskami w lasach Nadleśnictwa Dobrzejewice są bory. Typy siedliskowe takie jak las mieszany świeży, wilgotny czy bagienny, ols, bór suchy, bór mieszany wilgotny i bagienny oraz inne zajmują zaledwie kilka procent powierzchni.
Wśród gatunków lasotwórczych dominuje sosna zwyczajna, której powierzchniowy udział wynosi 95%. Z pozostałych gatunków na uwagę zasługują brzoza brodawkowata i olcha czarna. W ostatnim dziesięcioleciu odnotowano jednak znaczący wzrost udziału takich gatunków jak dąb, buk i olcha a spadek udziału sosny i brzozy. Świadczy to o prawidłowo prowadzonej gospodarce leśnej zmierzającej do zwiększania bioróżnorodności leśnej i maksymalnym wykorzystywaniu żyźniejszych fragmentów Nadleśnictwa.

Drzewostany Nadleśnictwa są wrażliwe na wszelkiego typu zakłócenia.

Wynika to głównie z porolnego charakteru drzewostanów Nadleśnictwa. Połowa drzewostanów posadzona jest na gruntach rolniczych.  Jeszcze więcej lasów wykazuje natomiast cechy przedplonu - porolność objawia się nawet w drugim pokoleniu drzewostanów. Ma to bezpośredni wpływ na stabilność i zwiększoną czujność leśników na problemy związane ochroną lasu. Teren Nadleśnictwa zaliczony został do I kategorii zagrożenia pożarowego i odznacza się niezwykle wysoką palnością na tle innych nadleśnictwa Regionalnej Dyrekcji Lasów Państwowych w Toruniu. Ponad połowa drzewostanów Nadleśnictwa uznana została decyzją ministra jako lasy ochronne.

Cenne gatunki oraz obiekty przyrodnicze na terenie Nadleśnictwa Dobrzejewice podlegają ochronie.

Rośliny typowe dla siedlisk borowych reprezentują gatunki chronione typowe dla sosnowych borów, takie jak chrobotki czy widłaki. Monotonię panujących borów sosnowych urozmaicają fragmentay utworów morenowych i torfowiskowych oraz niewielkie fragmenty żyznych lasów m.in. łęgowych w dolinie rzeki Mień i mniejszego cieku Jordan. W tych miejscach znajdziemy takie cenne gatunki jak rosiczka okrągłolistna, wawrzynek wilczełyko itd. Innymi interesującymi zbiorowiskami roślinnymi są te nieleśne - związane z reguły z Doliną Wisły, jak stanowisko kserotermicznej Ostnicy Jana.
Drzewostany Nadleśnictwa tworząc zwarty kompleks, stanowią doskonałe miejsce do rozwoju i migracji ssaków łownych takich jak jeleń, sarna, dzik. Ponadto występuje tutaj wiele gatunków chronionych zwierząt, gniazduje m.in. bielik, bytuje wilk, bóbr i żyje bardzo liczna populacja łosia. I choć jest to stosunkowo ubogi pod względem obszarów wodno-błotnych teren, ma ogromne znaczenie dla ptaków jako szlak przelotowy wzdłuż rzeki Wisły. Tereny nadwiślane weszły w sieć obszarów Natura 2000. W ramach sieci znajduje się także stanowisko strzebli błotnej – ryby słodkowodnej o szczególnym znaczeniu dla Wspólnoty.